光绪二十四年九月二十一日（1898年10月6日）的清晨，光绪帝载湉被殿外急促的脚步声惊醒。他披衣起身时，殿门已被猛地推开，慈禧太后带着一群披甲侍卫闯了进来，发髻上的金簪随着急促的呼吸微微颤动。"你这个不孝的逆子！"慈禧一把将一叠奏折掼在地上，最上面的正是光绪昨日拟就的《开设懋勤殿谕》，"竟敢勾结外臣谋逆，真当我老糊涂了吗？"
光绪帝踉跄后退，撞到龙纹柱上 "亲爸爸息怒，儿臣只是想..."话未说完，慈禧已指着他的鼻子冷笑："想什么？想把祖宗的江山拱手让给康梁这些乱党吗？"侍卫们早已将殿内的太监全部驱走，玉澜堂的门窗被一一上锁，铜锁碰撞的脆响在寂静的清晨格外刺耳——这位试图以新法救国的皇帝，此刻成了阶下囚。
就在光绪被囚的同一天，九门提督崇礼带着三百名缇骑包围了南海会馆。康有为早已在英国传教士李提摩太的帮助下，于前一日登上了南下的轮船，缇骑们只搜出他来不及带走的《孔子改制考》书稿，书页间还夹着未完成的《请断发易服改元折》。而留在会馆的梁启超，则在日本领事林权助的掩护下，从后门逃出，直奔天津塘沽港。
搜捕的大网却在京城全面张开。九月二十四日，谭嗣同、杨锐、林旭、刘光第、杨深秀、康广仁六人先后被捕，关押在刑部大牢。牢房的稻草堆里，谭嗣同从容地整理着衣襟，他拒绝了日本友人的营救，只说："各国变法，无不从流血而成，今中国未闻有因变法而流血者，此国之所以不昌也。有之，请自嗣同始。"（《谭嗣同全集·狱中题壁》）
九月二十八日午后，宣武门外的菜市口早已挤满了围观的百姓。六辆囚车碾过青石板路，谭嗣同站在第三辆车上，望着秋日惨淡的阳光，忽然高声吟道："有心杀贼，无力回天，死得其所，快哉快哉！"（《戊戌纪略》）监斩官刚毅厉声喝止，手中的令牌掷在地上发出闷响。刀光闪过的瞬间，围观人群中有人惊呼，有人唾骂，卖糖葫芦的小贩下意识地捂住了孩童的眼睛。
这一天，距离光绪颁布《明定国是诏》正好一百零三天。六君子的鲜血溅在菜市口的泥土里。而在颐和园仁寿殿，慈禧正与荣禄商议重审新政："农工商总局、矿务铁路总局这些洋玩意儿，一概裁撤！"她拿起光绪设立京师大学堂的谕旨，犹豫片刻后终究未改，"留着给那些读书人一点念想吧。"
政变之后，慈禧命军机大臣将百日维新期间颁布的一百八十多道谕旨分类整理，凡涉及官制、兵制、科举的，尽数废除。十月初，一道谕旨传遍各省："所有戊戌年六月以来更改诸政，除京师大学堂及各省中小学堂仍着照旧办理外，其余凡关涉官制、财政、军政并一切新政，悉皆停罢，复旧制。"（《清德宗实录》卷428）
这道谕旨让江南贡院的举子们欢呼雀跃。苏州举子王先谦带着门生故吏，在玄妙观设坛庆祝"正学复兴"，他当众焚烧梁启超的《变法通议》，火焰中飘出的纸灰粘在围观者的脸上。而在武汉，张之洞刚刚建成的湖北织布局里，工人们看着新到的西洋机器被贴上封条，总办张謇叹息着写下："三个月间，恍若隔世，昨日之新政，今日之罪证也。"（《张謇日记》）
八月间光绪刚下诏"废八股，试策论"，十月便又恢复旧制。江南乡试主考官李端棻（梁启超的岳父）因曾保荐维新派，此刻正被流放新疆，接替他的官员在考前发布告示："凡试卷中有'民权'、'西学'等字样者，一概黜落。"南京夫子庙的书铺里，《时务报》被堆在角落当废纸卖，而《朱子家训》的刻版却连夜赶制，价格涨了三倍。
军事改革也被叫停。荣禄将袁世凯编练的新军调回天津，重新启用旧将领聂士成、董福祥，那些刚刚换上西洋军装的士兵又穿回了传统号褂。北洋水师学堂总办严复站在大沽口，看着被拆除的鱼雷发射架，在给朋友的信中写道："皇上锐意改革时，水师尚存更新之望；今太后复政，一切归旧，恐海疆永无宁日矣。"（《严复集·书信》）
被囚禁在瀛台的光绪帝，成了晚清最孤独的人。这座位于南海中的小岛，四面环水，只有一座板桥与陆地相连，如今板桥日夜有侍卫看守，水中还系着几艘巡逻的小船。光绪每日清晨会被允许在岛上散步，他常站在涵元殿的石阶上，望着对岸紫禁城的金顶发呆，手中总攥着一枚光绪通宝，那是他刚亲政时铸造的钱币。
十月初十是慈禧的六十大寿，按例光绪应率百官祝寿。那天清晨，侍卫将他"请"出瀛台，换乘轿子前往颐和园。途经西华门时，光绪掀起轿帘，看到街道两旁跪满了官员，却没有一张熟悉的面孔——维新派或死或逃，支持新政的官员都已被革职。当他在仁寿殿被迫向慈禧行三跪九叩大礼时，忽然听到殿外传来"万寿无疆"的山呼，声音震得梁上的灰尘簌簌落下。
