一开始，王敦听说甘卓起兵，心里特别害怕。甘卓哥哥的儿子甘卬是王敦的参军，王敦就派甘卬回去跟甘卓说：“您这么做，从臣子的气节来说，我不会怪您。只是我家里的事儿太急了，没办法才这样。我想您还是把军队撤回襄阳吧，咱们以后重新交好。”甘卓这人虽然仰慕忠义，但生性多疑，做事不够果断。他把军队驻扎在猪口，想着等各方一起出兵，结果磨蹭了好几十天，一直没往前推进。王敦占领建康后，就派朝廷使者拿着驺虞幡去让甘卓撤军。甘卓听说周顗、戴渊死了，流着泪对甘卬说：“我一直担心的，就是今天这种情况。而且要是能让皇上平安，太子也没事儿，我在王敦上游，他也不敢轻易危害国家。但要是我直接占据武昌，把王敦逼急了，他肯定会劫持天子，让天下人都绝望，所以还不如撤回襄阳，再想想以后的办法。”说完就下令撤军。都尉秦康和乐道融劝甘卓说：“现在咱们分兵截断彭泽，让王敦的上下游军队没法相互接应，他的人马自然就散了，一战就能把他抓住。将军您发动了义兵却中途停止，我觉得这做法可不行。而且将军您手下的士兵，各有各的想法，都想往西回去，恐怕到时候想走也走不了。”甘卓不听他们的。乐道融日夜哭着劝谏，甘卓还是不听，乐道融又忧愁又气愤，最后就去世了。甘卓这人平时性格宽厚温和，这时候却突然变得固执起来，直接就回襄阳了，整个人心神不宁，举止也失常了，了解他的人就知道他快不行了。
王敦让西阳王司马羕做太宰，给王导加授尚书令，任命王廙为荆州刺史。他随意更改百官和各地军事长官，被调任、降职、罢免的人数都数不过来，有时候早上刚决定的事儿，晚上就又变了，完全按自己的心意来。王敦打算回武昌，谢鲲对他说：“您到都城以来，一直称病不朝见天子，所以虽然建立了功勋，但实际上人心还是有些不服。现在要是去朝见天子，让君臣之间的矛盾化解，那大家就都心悦诚服了。”王敦问：“你能保证不出变故吗？”谢鲲回答：“我最近去朝见皇上，皇上一直盼着能快点见到您，宫里和朝廷都很平静，肯定不会有问题。您要是去朝见，我愿意跟在您身边。”王敦生气地大声说：“就算杀了你们几百人，对时局又能有什么影响！”最终还是没去朝见天子就走了。这年夏天四月，王敦回到武昌。当初，宜都内史天门人周级听说谯王司马承起兵，就派哥哥的儿子周该偷偷到长沙，向司马承表达心意。魏乂等人攻打湘州很猛烈，司马承派周该和从事邵陵人周崎从小路出去求救，结果都被巡逻的人抓住了。魏乂让周崎对城里喊话，就说大将军已经攻克建康，甘卓回襄阳了，外面没救了。周崎假装答应，到了城下却大喊：“援兵马上就到，大家加油坚守！”魏乂就把他杀了。魏乂严刑拷打周该，一直到他死，周该都没说出周级派他来的事儿，周级这才躲过一劫。
魏乂等人攻打越来越猛，王敦又把在朝廷拿到的官员书信，让魏乂用箭射到城里给司马承看。城里的人知道朝廷守不住了，都很失落难过。双方僵持了快一百天，刘翼战死，士兵们死伤无数。癸巳日，魏乂攻下长沙，司马承等人都被抓住了。魏乂要杀虞悝，他的子弟们对着他痛哭。虞悝说：“人早晚都会死，现在我们全家都成了忠义之鬼，又有什么可遗憾的呢！”
魏乂用囚车把司马承和易雄押送到武昌，司马承的佐吏们都跑光了，只有主簿桓雄、西曹书佐韩阶、从事武延，换了衣服扮成仆人，跟着司马承，一直不离开他身边。魏乂看桓雄相貌举止不凡，心里害怕就把他杀了。韩阶和武延却更加坚定了跟从司马承的决心。荆州刺史王廙按照王敦的意思，在半路上把司马承杀了，韩阶和武延把司马承的灵柩送到都城，安葬之后才离开。易雄到了武昌，神情慷慨激昂，一点都不害怕。王敦派人拿着他之前发的檄文，数落他的罪过，易雄说：“这些事儿确实是我做的，只可惜我地位低、力量小，没办法拯救国家的危难。今天能为这事儿死，本来就是我愿意的！”王敦被他正义的言辞吓到了，就放了他，让他回住处。大家都来祝贺他，易雄笑着说：“我哪能活下去！”不久之后，王敦就派人偷偷把他杀了。
魏乂急着找邓骞，乡亲们都替邓骞担心，邓骞却笑着说：“他这是想用我呢，他刚拿下这个州，杀了好多忠良，所以想找我来平息众人的不满。”于是就主动去见魏乂。魏乂高兴地说：“您就像古代的解扬一样啊。”还任命他为别驾。
朝廷下诏让陶侃兼任湘州刺史，王敦却上奏让陶侃回到广州，给他加授散骑常侍。
甲午日，前赵的羊皇后去世，谥号是献文。
甘卓家里人都劝他防备王敦，甘卓不听，还把士兵都解散去种地，谁要是劝他，他就生气。襄阳太守周虑暗中按王敦的意思，骗甘卓说湖里鱼很多，劝他把身边的人都派出去捕鱼。五月乙亥日，周虑带兵到甘卓寝室偷袭，把他杀了，还把他的头送给王敦，连他的几个儿子也都杀了。王敦任命从事中郎周抚都督沔北的各项军事，代替甘卓镇守沔中。周抚是周访的儿子。
